قلعهنویی باز هم قهرمان شد، این بار با سپاهان
سپاهان با جذب ستارگان زیادی از تیمهای دیگر و گرفتن قلعهنویی به عنوان سرمربی، تیم برتر مسابقات سال ۱۳۸۸ فوتبال ایران شد و بالاتر از ذوبآهن، استقلال و پرسپولیس به عنوان قهرمانی رسید. سپاهان با ۶۷ امتیاز رکورد کسب امتیاز را در تاریخ لیگ فوتبال ایران شکست.
سپاهان برای قهرمانی بیشتر از هر چیز به سیستم امیر قلعهنویی متکی بود، مردی که حالا موفقیت در لیگ فوتبال ایران را به خوبی فراگرفته بود.
بازیکنان سپاهان در دوره منتهی به قهرمانی دوم این تیم در لیگ فوتبال ایران عبارتاند از: سیدمهدی رحمتی، رحمان احمدی، محمد سواری، احسان حاجصفی، سیدجلال حسینی، محسن بنگر، هادی عقیلی، مسعود قاسمی، حسین پاپی، رضا سرلک، جواد ماهری، شاهین خیری، مهرداد کریمیان، احمد آلنعمه، محرم نویدکیا، هادی ریش اصفهانی، بهمن طهماسبی، عمادرضا، ابراهیم توره، مهدی جعفرپور، احمد جمشیدیان، هادی جعفری، میگوییل ساآرماندو، شهریار شیروند.
